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返回净化车间送风口的设置位置，首先应考虑操作点的位置，尽可能布置在工艺操作点的上方，尽可能让送风口的主流区覆盖保护的操作点，其次应考虑送风口的均衡性，当操作点较多，要求室内有均匀的洁净度时，把送风口尽可能对称布置，对称布置的目的是使气流尽可能均匀扩散，减少涡流区。为了使净化车间有好的气流组织形态，回风风口的长宽比选得大些，从净化效果讲回风口多点好，但回风口增多后，回风支管增多，系统复杂，造价增加，所以也应权衡各种因素，送风口数量、位置、净化车间宽度及长宽比、净化车间级别等来考虑。
洁净度要求高的非单向流的净化车间或长宽比较大的，尽可能选用小风量多送风口数量的送风形式，而回风口也应选用小风量多回风口数量的方案。对于洁净度为1000级的净化车间，选用双侧下回风形式；对低于1000级洁净度的，当宽度不大于3m时，可采用单侧下回风；当大于3m时，宜采用双侧下回风；当净化车间宽度较大时，若双侧下回风不能满足气流组织要求时，应在1/2宽度处增设回风口，以减少涡流区；布置回风口的总原则是，适应送风口，与送风口配合，使洁净气流充分地扩散，充分地稀释室内气流，并均匀流出室内。在净化车间的操作间不应采用上送上回气流组织形式，在洁净走廊、更衣室等非工作面可采用上送上回气流形式；当条件允许，在非工作面好也采用上送侧下回的气流组织形式，因为上送上回气流组织形式存在一定缺陷。如果局部百级的净化车间，若采用上送上回方案，则工作区的风速往往很小，很难达到标准，自净时间较长，容易造成送风气流短路，使部分洁净气流和新风不能参与全室的稀释作用，因为降低了洁净度和卫生效果，容易使污染微粒在上升过程中污染其经过的操作点
由于传统的地面回风形式，会增加落菌面积和洁净的死角，同时，由于地面开孔会给土建增加大量工作，因此，为了即达到洁净的佳效果，又减少施工中的无谓工作，净化车间设计中采用了在洁净室内与走廊相邻的隔墙及门上两侧的下部安装双层百页风口， 通过室内、外空气的压差，将室内的空气排入走廊， 再由走廊上部的双层百页风口统一由回风管道送回至空调机房。
回风系统也根据洁净要求采用了三个回风系统： 一层大输液车间为万级洁净区，采用一个回风系统；二层西药部分和药检部分为万级洁净区，采用一个回风系统； 二层中药车间为十万级洁净区，采用一个回风系统。
通过送风系统和回风系统的分区设置，满足了净化车间内不同洁净分区内空气的不同洁净度要求，也杜绝了各个洁净区内空气的混合，避免洁净车间内不同分区内空气可能产生的交叉污染，同时满足了工艺要求中区分人流和物流路径中的空调气流组织的要求。
当送风口、回风口布置好后，可进行送风管、回风管的布置，在净化空调风管系统中，由于送风口的高度在500-600mm,所以送风管和回风管即使发生交叉也很容易布置，一般情况下送风管在上方，回风管在下方；对于采用主流区送风的手术室、送风天花一般为侧进风，所以在吊顶夹层内送风支管可设置在回风支管的下面；回风尺寸可根据风量与推荐风速来确定，风管内风速应根据室内容许噪声级要求。在选用风速时既要统筹兼顾，还应主次分明，一般总风管风速小于8m/s好，若由于空间尺寸的原因，总风管内风速大于8m/s时，应把消声器装在风速较小的主风管上。支风管风速，无送、回风口的支风管取4-6m/s，有送、回风口的支风管取2-5m/s；选用适当的风速计算出风管断面面积后，应考虑镀锌钢板的模数、风管加工工艺、安装空间、是否穿墙等因素，并参考规范推荐的矩形风管规格来确定风管的断面尺寸；净化空调风管要求拼接缝尽可能少，所以尽可能利用镀锌钢板的尺寸模数，减少拼接缝，风管的单节长度好不大于2m，风管的连节方式宜采用法兰连接，这样密封性可靠。
