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返回在分隔内间和外间的墙壁或者“隔扇”上，应开一个小窗，用作接种过程中必要的内外传递物品的通道，以便减少人员进出内间的次数，降低污染程度。小窗宽60cm、高40cm、厚30cm，内外都应挂对拉的窗扇。
无菌实验室容积小而严密，使用一段时间后，室内温度很高，故应设置通气窗。通气窗应该设在内室进门处的顶棚上(即距离工作台远的位置)，好为双 层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式的窗扇。通气窗可以在内室使用后、灭菌前开启，以流通空气。有条件的可以安装恒温恒湿机。
无菌实验室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。房间的容积不宜过大，以便于空气灭菌。小内间面积2×2.5=5㎡，外间面积1×2=2㎡，高以2.5m以下为宜，都应有天花板。
内间应当设拉门，以便减少空气的波动，门应该设在离工作台远的位置上;外间的门好也采用拉门，要设在距离内间远的位置上。
无菌实验室主要用于产品的无菌检测，在检测全过程均应实施无菌操作，严防因污染而出现假阳性的检测结果。所以，其布局、设计和建造应该有利于避免交叉污染、便于清洁以及日常的维护，以保证高洁净度无菌实验的环境。
菌室内的地面、墙壁必须平整，不易藏污纳垢，便于清洗。工作台的台面应该处于水平状态。无菌室和缓冲间都装有紫外线灯，无菌室的紫外线灯距离工作台面 1 米。工作人员进入无菌室应穿灭过菌的服装，戴帽子。
当前无菌室多存在于微生物工厂，一般实验室则使用超净台。超净台其主要功能是利用空气层流装置排除工作台面上部包括微生物在内的各种微小尘埃。通过电动装置使空气通过过滤器具后进入工作台面，使台面始终保持在流动无菌空气控制之下。而且在接近外部的一方有一道高速流动的气帘防止外部带菌空气进入。
在条件较困难的地方，也可以用木制无菌箱代替超净台。
无菌箱结构简单，便于移动，箱正面开有两个洞，不操作时用推拉式小门挡住，操作时可以将双臂伸进去。正面上部装有玻璃，便于在内部操作，箱内部装有紫外线灯，从侧面小门可以放进去器具和菌种等。
